PARAMETRIZAÇÃO DOS TERMOS LIGADOS
DE p-MENTAN-3,9-DIÓIS
Adriana M. Namba1
(PG), Gil V.J. da Silva1 (PQ), Carlos Alemán2 (PQ),
Gilberto Lúcio B. de Aquino1 (PG)
1 Departamento
de Química da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto - Universidade
de São Paulo
2 Departament
de Enginyería Química, ETSEIB Universitat Politècnica de Catalunya,
Barcelona, Espanha
palavras-chave: campo de força, parametrização, PAPQMD
Os métodos
de Mecânica Molecular, Dinâmica Molecular e Monte Carlo consistem de uma
ferramenta muito importante quando se deseja obter uma representação precisa
das características conformacionais dos sistemas moleculares. Todas estas
técnicas são baseadas no fato de que a energia de um sistema pode ser
representada como a adição de dois termos clássicos: os termos ligados, os
quais incluem as energias de estiramento, de deformação e torcional e os termos
não-ligados os quais incluem as interações eletrostáticas, de van der Waals e
as ligações de hidrogênio. A confiabilidade dos cálculos depende,
principalmente, da qualidade dos parâmetros contidos no campo de força
escolhido. No entanto, os parâmetros empíricos contidos nos campos de força
limitam-se a apenas determinados sistemas moleculares e isso têm levado, muitas
vezes, a resultados errôneos. Nosso interesse está na determinação dos
parâmetros de força para os p-mentan-3,9-dióis (1), (2), (3)
e (4), utilizando-se uma metodologia que foi desenvolvida para o cálculo
de parâmetros de força aproximados e mostrou-se ser bastante viável e de baixo
custo computacional. Esta metodologia foi incorporada num programa de
computador chamado PAPQMD (Program for Approximate Parametrization from Quantum
Mechanical Data). O programa PAPQMD calcula os parâmetros de força através do
ajuste da energia mecânica quântica (EMQ), obtida de cáculos
semi-empíricos ou ab initio, para a
energia (EMM), derivada de cálculos da mecânica molecular
As constantes de força de estiramento e deformação
(dados em kcal/mol.Å2), as quais estão mostradas na Tabela 1 foram
obtidas utilizando-se a estratégia padrão PAPQMD. Para o cálculo do termo
eletrostático nós utilizamos a estratégia desenvolvida por Momany, na qual as
cargas eletrostáticas (em unidades de elétron) são calculadas através do ajuste
do Potencial Eletrostático Molecular (MEP), obtido através de cálculos ab
initio. O termo torcional foi parametrizado usando uma abordagem na qual
somente a natureza de dois átomos centrais é considerada. Cada parâmetro foi
validado comparando-se as geometrias moleculares e os dados termodinâmicos
obtidos da mecânica molecular com os obtidos pelos cálculos ab initio.
Tabela 1
Estira/o |
kEst |
rijeq (Å) |
Deformação |
kDef |
qijkeq (graus) |
Átomo |
cargas
Diol (1) |
cargas
Diol (2) |
cargas
Diol (3) |
cargas
Diol (4) |
CA-CA |
432 |
1.531 |
CA-CA-CA |
85 |
111.8 |
C1 (CA) |
0.3142 |
0.3154 |
0.4483 |
0.5230 |
CA-CB |
370 |
1.540 |
CA-CA-CB |
85 |
113.0 |
C2 (CA) |
-0.2782 |
-0.3168 |
-0.3061 |
-0.4657 |
CA-CC |
387 |
1.549 |
CA-CA-CC |
82 |
114.8 |
C3 (CB) |
0.4080 |
0.3384 |
0.4273 |
0.5889 |
CA-H |
364 |
1.081 |
CA-CA-H |
50 |
110.2 |
C4 (CA) |
0.0443 |
-0.0126 |
-0.3295 |
-0.2700 |
CB-H |
364 |
1.089 |
CA-CB-CA |
78 |
111.2 |
C5 (CA) |
-0.2337 |
0.0335 |
-0.0606 |
0.0812 |
CB-OH |
434 |
1.414 |
CA-CB-H |
45 |
108.4 |
C6 (CA) |
-0.1767 |
-0.2551 |
-0.1818 |
-0.2722 |
CC-CC |
354 |
1.534 |
CA-CB-OH |
84 |
106.2 |
C7 (CC) |
-0.4971 |
-0.4676 |
-0.5720 |
-0.5143 |
CC-H |
364 |
1.086 |
CA-CC-CC |
75 |
114.8 |
H(-C7) |
0.1140 |
0.1080 |
0.1260 |
0.1099 |
CC-OH |
434 |
1.406 |
CA-CC-H |
65 |
106.1 |
H(-C1) |
-0.0170 |
-0.0189 |
-0.0075 |
-0.0506 |
OH-HO |
458 |
0.945 |
CB-OH-HO |
67 |
110.1 |
H(-C2) |
0.0872 |
0.1069 |
0.0693 |
0.0928 |
|
|
|
CC-CA-H |
51 |
106.3 |
O(-C3) |
-0.7355 |
-0.7420 |
-0.7229 |
-0.7819 |
|
|
|
CC-CC-H |
53 |
110.2 |
H(-O-C3) |
0.4212 |
0.4470 |
0.4343 |
0.4651 |
|
|
|
CC-CC-OH |
84 |
111.1 |
H(-C3) |
-0.0455 |
-0.0095 |
-0.0130 |
-0.0426 |
|
|
|
CC-OH-HO |
67 |
109.4 |
C8 (CC) |
0.2320 |
0.2033 |
0.2704 |
0.2881 |
|
|
|
H-CA-H |
46 |
106.5 |
C9 (CC) |
0.2151 |
0.1221 |
0.1643 |
0.1035 |
|
|
|
H-CC-H |
39 |
107.3 |
H(-C9) |
-0.0050 |
0.0161 |
0.0117 |
0.0320 |
|
|
|
H-CC-OH |
49 |
109.5 |
O(-C9) |
-0.7487 |
-0.6863 |
-0.7155 |
-0.7305 |
|
|
|
HO-CB-H |
59 |
107.3 |
H(-O-C9) |
0.4704 |
0.4459 |
0.4480 |
0.4647 |
|
|
|
CB-CA-CC |
85 |
112.7 |
C10 (CC) |
-0.5336 |
-0.3325 |
-0.3640 |
-05449 |
|
|
|
CB-CA-H |
45 |
109.2 |
H(-C10) |
0.1210 |
0.0797 |
0.0879 |
0.1267 |
|
|
|
CC-CC-CC |
70 |
110.6 |
H(-C8) |
0.0039 |
-0.0510 |
0.0202 |
0.0182 |
|
|
|
|
|
|
H(-C4) |
0.0209 |
0.0294 |
0.0848 |
0.0674 |
|
|
|
|
|
|
H(-C5) |
0.0824 |
0.0146 |
0.0427 |
0.0061 |
|
|
|
|
|
|
H(-C6) |
0.0509 |
0.0595 |
0.0431 |
0.0505 |
Estes
resultados indicam que o ambiente químico possui um papel importante na
parametrização de estiramento e deformação e que os parâmetros eletrostáticos
dependem, não somente da constituição química da molécula, como também de sua
estereoquímica. Deve ser enfatizado que estes aspectos não são levados em conta
pela maioria dos campos de força.
(FAPESP, CNPq, CAPES)